მცირეწლოვან ბავშვებში, ჰორმონალური დარღვევების შემთხვევაში, მკურნალობა შეიძლება შედგებოდეს ინექციებით ტესტოსტერონის, რომლის დოზას და რეგულარულობას ადგენს ენდოკრინოლოგი. ეს კარგად გატარებული მკურნალობა ზრდის პენისის ზომას. როდესაც მიკროპენისი გამოწვეულია პენისის ქსოვილებით, რომლებიც არ არის მგრძნობიარე ტესტოსტერონის მიმართ, ამ ჰორმონალურ მკურნალობას არანაირი ეფექტი არ აქვს.

რაც უფრო ადრე გამოვლინდება მიკროპენისი, რაც უფრო სწრაფად დაიდება მკურნალობა, მით უფრო ეფექტური იქნება ის. მკურნალობა შესაძლოა საჭირო გახდეს პუბერტატის პერიოდშიც. სქესობრივი მომწიფების შემდეგ ჰორმონალური მკურნალობა აღარ არის ეფექტური, რადგან ქსოვილები ერთნაირად აღარ რეაგირებენ.

მიკროპენისის ქირურგიული მკურნალობა     

ზრდასრულ ასაკში, როდესაც მიკროპენისი არ არის დამუშავებული ან როდესაც მკურნალობა არ იყო საკმარისად ეფექტური, ქირურგიული შესაძლებელია. თუმცა, ის ყოველთვის არ იძლევა დამაჯერებელ შედეგებს.

ლიგატის განყოფილება შეჩერებული პენისიდან, რომელიც მიდის პენისიდან პუბისკენ, შეიძლება შესთავაზოს. ის არანაირად არ ცვლის პენისს, მაგრამ ნაწილობრივ აშორებს მას პუბისგან, რაც მას უფრო ხანგრძლივად აჩენს. დაფიქსირებული მომატება არის 1-დან 2 სმ-მდე ფლაკონის მდგომარეობაში და 1,7 სმ ერექციის დროს. ეს გახანგრძლივება მიიღწევა არასტაბილური ერექციის პენისის ფასად, რადგან ის ნაკლებად კარგად არის მიმაგრებული პუბისთან, რაც ამცირებს შეღწევას.

THEცხიმის აუტოლოგიური ინექცია მოიცავს სუბიექტის ცხიმის შეყვანას პენისის კანქვეშ. ეს არანაირად არ ახანგრძლივებს პენისს, მაგრამ ვიზუალურად ამკვრივებს მას. ადგილზე მოთავსებული ცხიმის მხოლოდ ნაწილი არ შეიწოვება ორგანიზმის მიერ დროთა განმავლობაში (10-დან 50%-მდე დამოკიდებულია საგანზე). რეზორბცია შეიძლება იყოს არათანაბარი და გამოიწვიოს პენისის "როსარი" გამოჩენა.

მიკროპენისს შეიძლება ჰქონდეს მნიშვნელოვანი ფსიქოლოგიური რეპერკუსია, განსაკუთრებით მოზარდობის პერიოდში, მნიშვნელოვანია, რომ ადამიანს დაეხმარონ და გაითვალისწინონ მისი ეჭვები.